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Traducido en la Universitat de València, España

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Problemas de Macromoléculas

Problema 11: Secuencia de un polipéptido

Un polipéptido de 5 aminoácidos de longitud se rompe en varios fragmentos más pequeños y se determinan las secuencias de aminoácidos de algunos de esos fragmentos. Tres de los fragmentos identificados son: His-Gly-Ser, Ala-His, y Ala-Ala. ¿Cuál es la secuencia del polipéptido original?

- Guía de ayuda a la respuesta -

Aminoácidos de un polipéptido

Los aminoácidos de un polipéptido están unidos entre sí como eslabones de una cadena. Un péptido de 5 aminoácidos es análogo a una cadena de cinco eslabones; tiene dos aminoácidos en los extremos y tres aminoácidos internos. Romper nuestro péptido en trozos más pequeños sería similar a romper romper eslabones de la cadena, formando cadenas más pequeñas. Así, los aminoácidos que se encuentren adyacentes en los trozos del péptido, también deben de ser adyacentes en el péptido original completo.

Composición de aminoácidos

Un buen comienzo para un problema como éste es tratar de determinar la composición de aminoácidos del péptido desconocido. ¿Cuáles son los cinco aminoácidos del pentapéptido que buscamos? Si examinamos las secuencias de los tres fragmentos que nos dan, encontramos que:

Un fragmento tiene la secuencia His-Gly-Ser, así que cada uno de estos tres aminoácidos estaba también presente en el pentapéptido original. Otro de los fragmentos tiene la secuencia Ala-Ala, lo que significa que existían dos alaninas en el pentapéptido original.
Por lo tanto, sólo necesitamos estos dos fragmentos para definir sin ambigüedad la composición de aminoácidos del pentapéptido como His, Gly, Ser, Ala2 (5 aminoácidos en total). Observa que las otras dos combinaciones, utilizando los fragmentos Ala-Ala y Ala-His, o los fragmentos Ala-His y His-Gly-Ser nos habrían permitido definir sólo 3 o cuatro aminoácidos, del total de 5 correspondientes al péptido original.

Solapamiento de los fragmentos: Secuencia del pentapéptido

A partir de los dos fragmentos que hemos utilizado para definir la composición de aminoácidos, podemos deducir también que la secuencia puede ser, bien His-Gly-Ser-Ala-Ala, o bien Ala-Ala-His-Gly-Ser, ya que en ambos casos se cumple la condición de que los aminoácidos adyacentes en los trozos son también adyacentes en el péptido completo. Para distinguir entre las dos posibilidades utilizamos el tercer fragmento del enunciado del problema (Ala-His), que solapa con los dos anteriores.

solapamiento de
secuencias

Por lo tanto, la secuencia final del polipéptido original de 5 aminoácidos es Ala-Ala-His-Gly-Ser

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Department of Biochemistry and Molecular Biophysics
University of Arizona
Agosto 1996
Revisado: 2003
Traducido
: Julio 2004
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